Фундаментальная библиотека Свято-Алексиевской Пустыни
В 2002 г. в Свято-Алексиевской Пустыне создан и успешно функционирует Православный культурный центр Святителя Филарета Московского. Его задача – создание и организация работы учреждений культуры на территории Обители.
Центром организована уникальная Библиотека. Фактически, формирование ее началось с самого начала существования Пустыни, когда отец Алексий привез сюда свою собственную коллекцию книг из 6 тыс. томов.
Сегодня библиотека давно переросла рамки школьной.
В настоящее время комплекс библиотечных учреждений Пустыни представлен Фундаментальной библиотекой с численностью фонда более 350 тысяч томов, которая включает:
  • Библиотека и читальный зал  гимназии,
  • Отдел редкой книги,
  • Отдел рукописей,
  • Арт-кабинет,
  • Античный кабинет,
  • Пушкинский кабинет,
  • Шекспировский кабинет,
  • Военно-историческая и военно-учебная библиотека Кадетского  корпуса,
  • Картографический кабинет.
В Отделе мемориальных библиотек отдельными коллекциями хранятся библиотеки ученых:
  • академика Б.В.  Раушенбаха,
  • академика В.Г.  Фесенкова,
  • профессора Н.А. Чистяковой,
  • профессора М.Ф. Мурьянова.
Отдельные коллекции фрагментов библиотек ученых:
  • члена-корреспондента АН А.А. Ляпунова,
  • профессора П.В. Флоренского
  • профессора Р.В. Кинжалова и др.
 
В Научном архиве Обители хранятся также рукописные архивы перечисленных ученых и много других материалов.
В Отделе редкой книги собраны издания прошлых веков отечественной и зарубежной литературы.  Кроме того имеется уникальная коллекция репринтных периодических изданий, среди которых полные комплекты дореволюционных журналов «Русская старина» в 175 т.; Русский архив» в 150 т.;  журнал «Нива» в 100 т. и др. 
 
В собрании кириллических книг богословского и богослужебного содержания XVII – начала XX вв. 342 издания уже описаны. Они составляют коллекцию, в которую входят Библии, Евангелие, Псалтири, Кормчая, Лествица, Киево-Печерский патерик, Большой Каноник, служебники, сочинения Дмитрия Ростовского, Иоанна Златоуста и др. 
Фундаментальная научная Библиотека Свято-Алексиевской Пустыни (ФНБ САП) представляет собой несомненную общенациональную культурную ценность, в связи с чем Библиотекой Российской Академии Наук в 2011 году было принято решение об оказании помощи ФНБ Обители в создании электронного каталога книжного фонда.
 
Отдельная часть каталога включает только учебные и методические пособия Православной классической гимназии. Все вновь поступающие учебники оперативно вносятся в электронный каталог и ежегодно передаются в гимназию.
Также предусматривалась поэтапная публикация библиотечного каталога на бумажных носителях.
Первый печатный каталог Фундаментальной библиотеки был подготовлен в 2016 г. совместно с Библиотекой Академии наук в Санкт-Петербурге. Общий объем каталога составил 1063 страницы. 
В него вошли описания 50 тыс. изданий: энциклопедии, журналы, альманахи и периодические сборники, богословская литература, наиболее ценные и востребованные филологические коллекции и серии:   
  • «Десять веков русской литературы»,
  • «Библиотека всемирной литературы»,
  • «Литературные памятники»,
  • «Античная библиотека»,«Византийская библиотека», «Александрийская библиотека»;
  • "Библиотека мировой литературы для детей" и др. 
Полностью описаны известные биографические серии:
  • Биографическая серия Флорентия Павленкова,
  • «Жизнь замечательных людей»
  • «Жизнь в искусстве» и др.
Около 2000 описаний книг осуществлено в Арт-кабинете по всем разделам искусства, включая учебные и методические пособия для Школы искусств.
Медиатека также имеет электронный каталог, в который включены описания компакт-дисков с документальными,  художественными и научно-познавательными и мультипликационными фильмами. 
 
Для удобства поиска печатный каталог снабжен алфавитными именными и предметными указателями.
 
Гимназистам доступны читальные залы, работает абонемент. Для начальной школы оборудована отдельная библиотека из книг, соответствующих программе и возрастной категории.